Н.И.Кондратенко родился 16 февраля 1940 года в станице Плас­туновской в большой крестьянской семье. Отец погиб на фронте, мать работала в колхозе.

В 1966 году окончил Кубанский сельскохозяйственный институт, затем — Ростовскую высшую партийную школу. Защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата сельскохозяйственных наук.

Трудовую деятельность начал прицепщиком в колхозе «Красная Звезда» еще до армии. После службы вернулся в родной колхоз, где прошел путь от агронома до заместителя председателя.

В 1969 году выдвинут на партийную работу. Был первым секретарем Динского райкома КПСС. 

В 1982 году назначен генеральным директором Северо-Кавказского объединения сахарной промышленности. Внес большой вклад в развитие этой стратегически важной отрасли.

С 1987 по 1990 год — председатель исполкома Краснодарского краевого Совета народных депутатов. Затем избран народным депутатом СССР, председателем краевого Совета народных депутатов.

В последующие годы работал на различных промышленных предприятиях, одновременно занимался фермерством, читал лекции в Кубанском государственном аграрном университете. 

В апреле 1993 года на дополнительных выборах был избран народным депутатом Российской Федерации. А в декабре этого же года – в Совет Федерации, стал членом комитета по аграрной политике.

В 1994 году создал патриотическое движение «Отечество».

В декабре 1996 года победил на выборах главы администрации Краснодарского края, получив поддержку 82 % избирателей.

С января 1997 года по январь 2001 года был губернатором Краснодарского края. В 2000 году отказался от участия в выборах и поддержал выдвижение Александра Ткачева. 

Затем стал представителем Краснодарского края в Совете Федерации РФ, последовательно и принципиально отстаивая в парламенте интересы Кубани.

В 2003 году Н.И.Кондратенко избран в Государственную Думу РФ.

С 30 января 2008 года и до последних дней был членом Совета Федерации от Краснодарского края.